修改 MySQL 密碼可以透過 mysql 指令 (在 Windows 下是 mysql.exe)，mysqladmin 指令或 phpMyAdmin 完成，以下是用 mysql 及 mysqladmin 修改 MySQL 使用者密碼的方法。
mysql 指令
在指令模式用 root 帳號透過 mysql 登入 MySQL 伺服器:
# mysql -u root -h localhost -p
如果是 Windows 系統，則需要先切換到 mysql 安裝目錄下的 bin 目錄，然後執行 mysql.exe
# mysql.exe –user=root -h localhost -p
登入 MySQL 後會看到 mysql> 的提示，例如要修改使用者 phpini 的密碼，並設定新密碼是 newpassword, 輸入以下指令修改密碼：
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mysql> SET PASSWORD FOR 'phpini'@'localhost' = PASSWORD('newpassword'); |
然後會有類似這類的輸出:
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1 2 |
Query OK, 1 row affected (0.00 sec) Rows matched: 1 Changed: 1 Warnings: 0 |
最後重新載入 MySQL 的權限設定：
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1 |
mysql> FLUSH PRIVILEGES; |
mysqladmin 指令
另一個做法是用 mysqladmin 指令完成，但 mysqladmin 的缺點是只可以修改自己的密碼，而且需要 root 權限執行，所以一般上建議使用上面的方法。例如要修改使用者 phpini 的密碼，並設定新密碼是 newpassword, 需要用輸入以下指令修改密碼：
# mysqladmin -u phpini -p password newpassword